Gleichfalls ist sie wichtig bei der Herstellung von geräuchertem Fleisch oder Fisch. Die Beeren werden in zerstoßenem Zustand den Pökelmischungen beigegeben, sowohl in die Salzmischungen als auch in wässrige Pökellake. Der Geschmack der Wacholder-Beere fördert die geschmackliche Entwicklung beim Räuchern von Fleisch oder Fisch. In alten Rezepten findet man die Angabe: „8–12 Wacholderbeeren je Kilogramm Speck oder Schinken“.
Auch das Holz des Wacholder-Strauches wird in Form von Spänen zu den üblichen Räuchermehlen gegeben, um eine Aromatisierung über den Rauch zu erreichen. In alten Rezepten findet man häufig, man solle „Kranewitt“-Zweige (Wacholderzweige) zur Räucherglut beigeben, um den Geschmack zu verbessern.